„Made in Abyss” to mroczna i tajemnicza opowieść o bezkresnej przepaści, która rozciąga się w głąb ziemi, wypełnionej niezwykłymi stworzeniami i relikwiami z dawno minionych czasów. Nieustraszeni poszukiwacze, znani jako Nurek, stawiają sobie za cel rozwikłanie tajemnic otchłani. Riko, córka zaginionej legendarnej Nurek Lyzy, marzy o byciu jak jej matka i odkryciu najdalszych zakątków otchłani. Kiedy spotyka tajemniczego robota o wyglądzie zwykłego chłopca, który nie pamięta nic z przeszłości, decydują się wspólnie udać w najgłębsze warstwy otchłani.