„Mahou Shoujo Lyrical Nanoha A’s” to kontynuacja przygód Nanohy Takamachi, która po rozwiązaniu sprawy rozproszonych klejnotów, powraca do swojego codziennego życia, ale teraz dodatkowo ćwiczy magię każdego dnia. Jednak spokój nie trwa długo. Pewnego dnia, jej magiczny artefakt, Raising Heart, ostrzega ją przed nadchodzącym atakiem. Atakująca jest młoda dziewczyna o imieniu Vita, która nazywa się Rycerzem Belka. Vita i jej rycerze, Shamal, Signum i Zafila, próbują ukraść moc magiczną od magów, aby ukończyć Księgę Ciemności, jedno z zagubionych Logia. Z jakim złowrogim celem rycerze są po tę Księgę Ciemności?