„Mai-Otome Zwei” to kontynuacja wydarzeń z „My-Otome”, która rozgrywa się rok po nich. Arika stała się pełnoprawną Otome, choć nadal pod opieką pani Marii, a Nagi jest uwięziony gdzieś w Aries. Różne narody utrzymują pokój i planują przeprowadzić S.O.L.T. (Strategic Otome Limitation Talks), aby omówić ograniczenie liczby Otome.
Zostają jednak wstrząśnięte serią wydarzeń – misję zniszczenia meteorytu zagrażającego planetom Earlu przerywa tajemnicza postać siejąca zniszczenie wśród Garderobe i kilka Otome. Sytuacja komplikuje się, gdy po kłótni z Ariką znika królowa Mashiro. Seria śledzi poszukiwanie Mashiro przez Ariki oraz próby Garderobe, aby odkryć prawdę o tajemniczym zamachowcu.