„Major 2nd” to historia Daigo, syna słynnego baseballisty Gorou Shigeno. Daigo pragnie dorównać swojemu ojcu i sam stać się gwiazdą baseballu. Z wielkimi marzeniami dołącza do drużyny baseballowej Mifune Dolphins, w której kiedyś grał jego ojciec. Niestety, rzeczy nie idą zgodnie z planem, a brak talentu i zmysłu do baseballu Daigo szybko wychodzą na jaw, a jego pewność siebie zostaje zniszczona. Czy kiedykolwiek poradzi sobie z presją bycia synem baseballowego geniusza? Dwa lata później, do klasy Daigo dołącza nowy uczeń, Hikaru – syn Toshiya Satou, przyjaciela Gorou i również gwiazdy baseballu. Okazuje się, że pomimo rodzinnej tradycji, Hikaru nigdy wcześniej nie grał w baseball! Czy różnice pomiędzy chłopcami pozwolą im wejść w świat, który ich ojcowie tak uwielbiają – świat baseballu?