Akademia Hakoniwa słynie z niezwykłych uczniów i równie niezwykłej przewodniczącej samorządu uczniowskiego – Medaki Kurokami. Medaka, inteligentna, pełna energii i obdarzona nadludzką siłą dziewczyna, obiecuje pomóc każdemu uczniowi szkoły, zakładając specjalną skrzynkę życzeń, „Medaka Box”. Wraz ze swoim przyjacielem z dzieciństwa, Zenkichim Hitoyoshim, energiczna przewodnicząca rozwiązuje różnorodne problemy szkolnych kolegów.
Jednak Hakoniwa to placówka pełna niezwykłych jednostek o tajemniczych umiejętnościach, gdzie z pozoru banalne sytuacje łatwo przeradzają się w pełne napięcia starcia. Gdy Medaka temu przeciwdziała, jej działania zaczynają przyciągać uwagę potężnych oponentów. Połączenie komedii, akcji oraz elementów nadnaturalnych, „Medaka Box” to opowieść o niezwykłej przewodniczącej, która z determinacją postanawia zmienić swoją szkołę na lepsze.
