„Mojakou” to historia o zwyczajnym uczniu, Sorao, który niespodziewanie zaprzyjaźnia się z dwójką kosmitów uwięzionych na Ziemi. Jego życie radykalnie się zmienia, gdy postanawia pomóc im powrócić do domu. Gdy w końcu docierają na kosmiczną ojczyznę przybyszów, Sorao i Miki odkrywają krwawą waśń pomiędzy dwoma różnymi plemionami. Sprawy komplikują się, gdy reprezentanci plemion próbują przewyższyć siebie w poszukiwaniu zaginionego skarbu przeszłości, mając w ręku odnalezioną wskazówkę.