Królowa Tysiąclecia to niezwykła opowieść science-fiction rozgrywająca się na progu katastrofy kosmicznej, gdy tajemnicza planeta La-Metal zbliża się do Ziemi, zagrażając istnieniu całej cywilizacji. Główną bohaterką jest tajemnicza i piękna kobieta o imieniu Yayoi Yukino, która prowadzi podwójne życie – jako nauczycielka oraz jako enigmatyczna Królowa Tysiąclecia, której przeznaczeniem jest strzec równowagi między dwoma planetami. W centrum konfliktu znajduje się młody chłopak, Hajime Amamori, który wciągnięty w wir wydarzeń odkrywa sekrety Kosmosu oraz prawdę o roli Królowej Tysiąclecia. Wraz z narastającym zagrożeniem, Yayoi musi zmierzyć się z trudnym wyborem między lojalnością wobec swego rodzinnego świata a uczuciami do mieszkańców Ziemi. Opowieść ta charakteryzuje się melancholijnym, refleksyjnym nastrojem oraz klasycznym stylem wizualnym, typowym dla kultowych dzieł Leijiego Matsumoto.
