„Film Nintama Rantarou: Ninjutsu Gakuen Zenin Shutsudou! no Dan” to pełen przygód powrót uczniów Akademii Ninjutsu po przerwie letniej. Z powodu błędu Komatsudy, całe ich wakacyjne zadania domowe zostały pomieszane. W efekcie Kisanta, który otrzymał zadanie przeznaczone dla ucznia szóstego roku, znika, próbując włamać się do zamku Oomagatoki, by ukraść fundoshi ich pana. Grupa, w której skład wchodzą Shinbei i Kirimaru, zostaje wysłana, by go uratować, co może okazać się trudną misją. Równocześnie, Akademia Ninjutsu otrzymuje prośbę o pomoc od wioski dotkniętej wojną, więc Rantarou wraz z pozostałymi uczniami i nauczycielami ruszają na ratunek.