„Papuwa” to kontynuacja pierwszej serii, rozgrywająca się cztery lata po jej zakończeniu. Głównym bohaterem jest tajemniczy chłopiec, Papuwa-kun, który mieszka na egzotycznej wyspie pełnej zwariowanych stworzeń. Wraz ze swoją pokojówką, Liquid, i nowym zapominalskim przyjacielem, „Rotarou”, doznają niekończących się absurdalnych przygód. Ich celem jest unikanie i wprowadzanie w błąd Armii Ganma, Specjalnego Korpusu oraz Shinsengumi, które chcą odkryć prawdziwy sekret Rotarou i zabrać go stąd.