„Project A-Ko 4: Final” to anime, w którym grupa archeologów w Iraku odkrywa starożytne relikwie przepowiadające nadejście nadrzędnej rasy i koniec całej cywilizacji. Tymczasem w Graviton City rywalizacja między A-Ko a B-Ko o Kei nasila się, a pan Daitokuji organizuje aranżowane małżeństwo między panną Ayumi a Kei. Obie dziewczyny robią wszystko, co w ich mocy, aby zapobiec temu związku. Tymczasem nie mają pojęcia, że kolejna flota obcych zmierza w stronę Ziemi.