Appleseed Saga Ex Machina to futurystyczny film anime, osadzony w utopijnym mieście Olympus, gdzie ludzie współistnieją z zaawansowanymi bioroidami oraz cyborgami. Główną bohaterką jest Deunan Knute, wybitna agentka jednostki antyterrorystycznej E-SWAT. Po poważnym incydencie w operacji ratunkowej, jej partner — cyborg Briareos — zostaje hospitalizowany. Na jego miejsce zostaje przydzielony tajemniczy bioroid Tereus, stworzony na bazie DNA Briareosa. Deunan musi zmierzyć się ze skomplikowanymi emocjami wobec nowego partnera oraz z zagrożeniem ze strony grup terrorystycznych manipulowanych za pomocą cyfrowej technologii. Gdy niespodziewana seria ataków wstrząsa spokojem miasta, Deunan, Briareos i Tereus stają przed wyzwaniem odkrycia spisku, który może zagrozić całej ludzkości. Anime utrzymane jest w klimacie dynamicznej akcji i intensywnego suspensu, łącząc tematy technologii, tożsamości i filozoficznych dylematów przyszłości.
