„Sidonia no Kishi” to opowieść o Nagate Tanikaze, który po latach izolacji opuszcza głębiny statku-ziarna Sidonia w poszukiwaniu pożywienia. Nagle znajduje się w wirze wydarzeń, o których nie miał pojęcia. W roku 3394, po zniszczeniu Ziemi przez obcą rasę Gauna, ludzkość rozproszyła się po galaktyce w gigantycznych statkach-ziarnach. Kiedy Gauna zaczynają swoją napaść na Sidonię, to właśnie Tanikaze – z pomocą swoich żołnierskich przyjaciół Shizuki Hoshijiro, Izany Shinatose oraz Yuhaty Midorikawy – ma bronić ostatniej nadziei ludzkości na przetrwanie i pokonać obcych przeciwników. „Sidonia no Kishi” to podróż Tanikaze, który odkrywa świat, który dotąd pozostawał nad nim, i staje się bohaterem, której Sidonia potrzebuje.