W odległej przyszłości, 12 000 lat po katastrofalnej wojnie ludzi z aniołopodobną rasą Cieni, ludzkość staje raz jeszcze w obliczu zagrożenia. Potężne istoty, zwane Skrzydlatymi, brutalnie atakują miasta, odbierając ludziom energię życiową, by zasilić własną rasę. By przeciwstawić się zagładzie, ludzkość wykorzystuje Aquariona – legendarną machinę o niepojętych mocach. Młody Apollo, zbuntowany i nieobliczalny chłopak o tajemniczym pochodzeniu, zostaje zwerbowany do organizacji DEAVA pilotującej Aquariona. Wraz z towarzyszami, musi odkryć sekrety przeszłości, opanować własne moce oraz zmierzyć się z przeznaczeniem, sięgającym epopei sprzed tysiącleci. Pełna akcji i dramatyzmu historia zanurza widza w świat pełen mitów, romansów i niezwykłych bitew, w których na szali ważą się losy całej planety.
