„Spy Kyoushitsu 2nd Season” to kontynuacja przygód czteroosobowego zespołu szpiegów z Republiki Din, zwanej Lamplight. Thea, Monika, Erna i Annett, mimo różnic charakterów, skutecznie realizują postawione przed nimi zadania. Ich spokój burzy nieznajoma kobieta, Matilda, domniemana matka Annett, co prowadzi do eskalacji konfliktu i stanowi wyzwanie dla ich współpracy i lojalności. Tymczasem, pozostali członkowie Lamplight zaczynają się niepokoić brakiem kontaktu z zespołem i podejmują decyzję o samodzielnym poszukiwaniu zagubionych przyjaciół. W obliczu narastającego napięcia muszą działać szybko, by nie doprowadzić misji do punktu, z którego nie ma już odwrotu.