Po wyniszczającej światowej wojnie konflikty pomiędzy krajami toczą się teraz w cieniu, za pomocą szpiegostwa i inteligencji. Zmagająca się z wyzwaniami adeptka szpiegostwa Lily, mimo kiepskich wyników w nauce praktycznej, niespodziewanie zostaje zaproszona, by wziąć udział w tajemniczej misji. Wysłana do tajnego ośrodka szkoleniowego o kryptonimie „Tomoshibi”, spotyka tam młode agentki, równie utalentowane, co specyficzne. Pod przewodnictwem enigmatycznego geniusza szpiegostwa Klausa grupa dziewcząt musi przejść intensywne szkolenie, aby wykonać zadanie na granicy samobójczej misji—misji, która już pokonała wiele doświadczonych zespołów. „Spy Kyoushitsu” to pełna akcji i humoru historia, opowiadająca o niezwykłych metodach nauczania, przezwyciężaniu własnych słabości oraz budowaniu zaufania w świecie, gdzie każdy krok może zadecydować o życiu i śmierci.

