„3×3 Eyes” to opowieść o młodym człowieku o imieniu Yakumo Fuuji, który przez dziwne zbiegi okoliczności staje się niewolnikiem ostatniego przedstawiciela rasy trzyokich demonów. Demon pochłania jego duszę, aby ocalić mu życie, czyniąc go przy tym nieśmiertelnym. Teraz Yakumo wyrusza w podróż z kobiecym demonem, próbując odnaleźć sposób na powrót do ludzkiej formy. Na ich drodze pojawiają się liczne komplikacje, w tym podwójna osobowość demona – jedna słodka i urocza, druga pełna niszczycielskiej mocy – oraz rozwijające się między nimi romanse.