W niedalekiej przyszłości Ziemia doświadcza gwałtownych kataklizmów oraz zmian klimatycznych, powodowanych przez przebudzenie tajemniczego obiektu zwanego Orphan, znajdującego się głęboko na dnie oceanu. Wraz z przebudzeniem Orphana, pojawiają się biomechaniczne roboty o nazwie Antibody, które są pilnie poszukiwane przez dwie skonfliktowane organizacje: Orphan dążącą do opuszczenia Ziemi przy użyciu wspomnianego obiektu oraz Novis Noah pragnącą powstrzymać jego przebudzenie i ochronić ludzkość. W środku tego konfliktu znajduje się nastolatek Yuu Isami, który odchodzi ze strony Orphana i dołącza do organizacji Novis Noah, gdzie poznaje energiczną i zdecydowaną dziewczynę Hime Utsumiya. Wkrótce staje się oczywiste, że ich wybory mogą przesądzić o dalszym losie nie tylko Ziemi, ale całej ludzkości. „Brain Powerd” to dynamiczna i dramatyczna historia, łącząca wątki ekologiczne, rodzinne dramaty oraz intensywne starcia biomechanicznych maszyn.
