„Code-E” to opowieść o Chinami Ebiharze, dziewczynie z niezwykłą zdolnością generowania fal elektromagnetycznych, kiedy jej uczucia się zaogniają. Ta „zdolność” wpływa na wszystko, co elektryczne, powodując, że musiała przenosić się z szkoły do szkoły, gdy była młodsza. Teraz, kiedy 18-letnia Chinami zaczyna naukę w nowej szkole, jej zdolności znowu wpływają na urządzenia elektroniczne. Tym razem jednak inny uczeń, Kotaro Kannagi, widzi to i staje się zafascynowany jej zdolnością „TYPE-E”.