„A.I.C.O. Incarnation” to ekscytująca historia z akcją osadzoną w Japonii, 2035 roku. W wyniku incydentu znanego jako „The Burst” powstało samo-replikujące się zjawisko o nazwie „Matter”. Świat stara się go powstrzymać, zanim dotrze do oceanu, a najemnicy próbują odkryć prawdę o jego istnieniu. W tym samym czasie, pobudzana do życia przez tajemniczego ucznia przeniesionego, Aiko Tachibana, dziewczyna pod stałą opieką medyczną po uratowaniu z „Matter”, odkrywa niezgodności dotyczące swojego ciała. Wraz z nowym sprzymierzeńcem, Yuuyą Kanzaki, musi zmierzyć się z zagrożeniem i odkryć prawdę o swoim istnieniu, która pozwoli na zakończenie „The Burst”. Czy będą w stanie stawić czoła niebezpieczeństwom i pokonać przeciwności?