„Daitoshokan no Hitsujikai” to opowieść o legendarnym „Pasterzu” z Akademii Shiomi, który ma się pojawiać przed pracowitymi uczniami, aby spełnić ich życzenia. Główny bohater, Kyoutarou Kakei, pewnego dnia otrzymuje od Pasterza wiadomość, która ma odmienić jego los. Wydarzenia kulminują, gdy Kakei uratuje jedną z uczennic, Tsugumi Shirasaki, przed zbliżającym się pociągiem. Wdzięczna Tsugumi dołącza do Bibliotecznego Klubu i zabiera Kakeia w tajemniczą „Misję Szczęścia Shiomi”. Razem z nowymi członkami klubu, dążą do stworzenia z akademii lepszego miejsca i odkrycia tożsamości tajemniczego Pasterza.