„AKB0048” jest futurystycznym anime sci-fi, którego akcja rozgrywa się w dalekiej przyszłości, w roku 0048 według Kalendarza Gwiezdnego. Po wyniszczającej wojnie międzyplanetarnej Ziemia stała się niezdatna do życia, zaś pod rządami totalitarnej Deep Galactic Trade Organization (DGTO) sztuka, muzyka i wszelkie formy ekspresji artystycznej zostały zdelegalizowane. W tych mrocznych czasach legendarna grupa idolek AKB48 powraca jako AKB0048, międzyplanetarny zespół, który kontynuuje misję „wyzwolenia serc” poprzez muzykę.
Anime przedstawia historię młodych dziewcząt, które inspirując się występem AKB0048, dołączają do ryzykownej grupy, pomimo konsekwencji ze strony rządzącego ustroju. Nagisa Motomiya, Orine Aida, Yuuka Ichijo oraz enigmatyczna Chieri Sono próbują osiągnąć swoje marzenia, mierząc się zarówno z restrykcjami narzuconymi przez władze, jak również ze swoimi osobistymi konfliktami rodzinnymi. Akcja balansuje między emocjonalnymi momentami, dynamicznymi pojedynkami oraz pełnymi energii koncertami, zachowując lekki, często humorystyczny ton z wyrazistym przekazem nadziei i determinacji.
