„Himitsu no Hanazono” to opowieść o młodej dziewczynie, Mary Lennox, która traci swoje rodziców na skutek choroby i zostaje oddana pod opiekę wuja w Anglii. Pomimo początkowego smutku, Mary odnajduje radość w swoim nowym życiu, doceniając codzienne posiłki i życie w dużym domu. Jednak samotność wuja prowadzi ją do nudy i powrotu smutnych wspomnień. Pewnego dnia, podczas spaceru, odkrywa tajemniczy ogród niedaleko swojego domu. Wraz ze swoimi nowymi przyjaciółmi, Diconem i Marthą, a także niepełnosprawnym kuzynem Colinem, Mary rozpoczyna przygodę, która na zawsze zmienia jej życie.