„Appleseed” to film anime, który przenosi widzów do miasta Utopia – populacji składającej się z ludzi i bioroidów (sztucznych ludzi), które powstało na gruzach globalnej wojny. Na pierwszy rzut oka społeczeństwo wydaje się harmonijne, ale pod powierzchnią czają się napięcia. W tym pozornie doskonałym społeczeństwie pojawia się Deunan Knute, ocalała z wojen, która niesie ze sobą dziedzictwo, które okaże się kluczowe dla przyszłości ludzkości.