Atom: The Beginning to historia osadzona w świecie przyszłości, pięć lat po katastrofie o nieznanej przyczynie, która zmieniła Japonię. Dwóch młodych geniuszy, Umatarō Tenma i Hiroshi Ochanomizu, studentów Uniwersytetu Nerima, wspólnie pracuje nad przełomową sztuczną inteligencją zwaną Bewußtsein, zdolną posiadać własną wolę i osobowość. Owocem ich pracy jest autonomiczny robot o imieniu A106.
Żyjąc w permanentnym braku funduszy oraz niezrozumieniu ze strony społeczności naukowej, bohaterowie decydują się zdobyć środki poprzez udział w turniejach walk robotów. Ich sukcesy szybko przykuwają uwagę, jednakże niebawem zaczynają odkrywać tajemnice i zagrożenia związane z mroczną stroną nauki, ukrytymi organizacjami oraz tajemniczą katastrofą sprzed lat.
Atom: The Beginning to prequel klasycznego Astro Boya, prezentujący początki legendarnego bohatera. Seria ta łączy emocjonujące pojedynki i akcję z filozoficznymi refleksjami na temat granic i konsekwencji sztucznej inteligencji oraz ludzkiej odpowiedzialności za tworzone technologie.
