W roku 2021 ludzkość zmaga się z niszczycielską epidemią pasożytniczego wirusa Gastrea, zmuszeni są do życia w chronionych murami obszarach zbudowanych ze specjalnego metalu Varanium. W tych ponurych czasach pojawiają się „Przeklęte Dzieci”, dziewczynki zainfekowane wirusem, który obdarzył je niezwykłymi zdolnościami umożliwiającymi walkę z Gastrea. Historia skupia się na Rentarō Satomim, licealiście pracującym jako Promotor w agencji ochrony cywilnej, oraz jego partnerce Enju Aiharze, będącej tak zwaną „Inicjatorką” i jednym z „Przeklętych Dzieci”. Razem podejmują się misji ochrony Obszaru Tokio przed katastrofą, mierząc się z niebezpieczeństwami oraz uprzedzeniami społecznymi wynikającymi z ich wyjątkowego statusu. „Black Bullet” przedstawia ponury, pełen akcji świat z akcentami dramatycznymi, poruszając tematy przyjaźni, dyskryminacji oraz walki o przetrwanie w obliczu ciągłego zagrożenia.

