Rokurou Okajima wiedzie monotonne, korporacyjne życie, aż podczas jednej z rutynowych podróży służbowych zostaje porwany przez grupę najemników, zwaną Lagoon Company. Porzucony przez swoją firmę i pozbawiony perspektyw, przyjmuje nową tożsamość jako „Rock” i dołącza do świata pełnego przestępców i przemocy. Lagoon Company, z siedzibą w skorumpowanym i chaotycznym mieście Roanapur w Azji Południowo-Wschodniej, zajmuje się przemytem i realizacją misji specjalnych dla potężnych syndykatów i niebezpiecznych gangów. Seria ukazuje mroczną rzeczywistość podziemia przestępczego, gdzie moralność bywa względna, lojalność ma swoją cenę, a przemoc jest codziennością. „Black Lagoon” to dynamiczna historia pełna efektownych starć, wyrazistych postaci i niewybrednego humoru, która stawia widzowi pytanie o granice człowieczeństwa i przetrwania w świecie rządzonym przemocą.