„Black Lagoon” to historia o Rokurou Okajima, pracowniku korporacyjnym, którego codzienność zmienia się, gdy podczas biznesowych negocjacji w Tajlandii zostaje porwany przez bezwzględnych piratów z Lagoon Company. Kiedy jego szefowie odmawiają zapłaty okupu, Rokurou podejmuje nieoczekiwaną decyzję – dołącza do załogi swoich porywaczy.
Teraz musi dostosować się do mieszkania w Roanapur, miastem pełnym korupcji i przestępstw, gdzie najmniejszy błąd może kosztować go życie. Aby przetrwać, Rokurou musi nie tylko stawić czoła nieustannie konfliktującej się z nim koleżance, Revy, ale także nauczyć się podejmowania szybkich decyzji pod presją, jednocześnie zachowując swoją ludzkość.