Nariyuki Yuiga kontynuuje swoją misję, by pomóc trzem genialnym, ale jednostronnie utalentowanym koleżankom poprawić wyniki w przedmiotach, które stanowią ich największą bolączkę. Ambitna Rizu Ogata, matematyczny geniusz, pragnie zgłębić tajniki psychologii, podczas gdy mistrzyni literatury Fumino Furuhashi mierzy się z problemami natury ścisłej. W grę wchodzi także Uruka Takemoto, która choć jest fenomenalną pływaczką na arenie sportowej, musi sprostać akademickim wyzwaniom języka angielskiego.

Drugi sezon „Bokutachi wa Benkyou ga Dekinai!” kontynuuje perypetie szkolnego życia, pełnego zabawnych sytuacji, nieporozumień oraz ciepłych, serdecznych relacji. Przygotowania do egzaminów wstępnych na uniwersytety zaczynają się intensyfikować, a uczucia i emocje bohaterów komplikują ich wspólną naukę. Czy Nariyuki zdoła doprowadzić swoje podopieczne do upragnionego sukcesu, godząc przy tym własne cele i nowe, zaskakujące sploty uczuć?