Wiele uczniów liceum Shinyo boryka się z własnymi lękami, sekretami i traumami. W mrocznej atmosferze miasta ogarniętego niepokojem zaczynają się dziać tajemnicze zniknięcia osób oraz niewytłumaczalne zdarzenia. Krążą plotki o legendarnej istocie znanej jako „Boogiepop”, która uważana jest przez jednych za miejską legendę, a przez innych za ponurego mściciela. Gdy w okolicy pojawia się tajemnicze światło, rzeczywistość i urojenia zaczynają się mieszać, a granice życia i śmierci stają się coraz bardziej rozmyte. Wśród chaosu pojawia się enigmatyczna postać Boogiepop Phantom, która próbuje zrozumieć i rozwiązać mroczną tajemnicę miasta. Seria utrzymana jest w mistycznym, melancholijnym i niepokojącym nastroju, eksplorując złożone problemy psychologiczne bohaterów oraz ludzką naturę w obliczu niewiadomego niebezpieczeństwa.


