W tajemniczym sklepie o nazwie Chocolat Noir, schowanym pomiędzy uliczkami miasta, młoda czarodziejka Chocolat Aikawa przygotowuje niezwykłe czekoladowe słodkości. Każda z jej kreacji posiada niezwykłą moc: spełnienie najskrytszego ludzkiego życzenia. Jednakże magia ta posiada ukrytą cenę – za każde spełnione marzenie klient musi oddać coś cennego ze swego życia.
Opowieść skupia się na kolejnych klientach, których osobiste problemy i pragnienia prowadzą do spotkania z tajemniczą Chocolat. Pomimo pozorów słodkości, seria przyjmuje mroczny, momentami dramatyczny ton, ukazując konsekwencje ludzkiej chciwości, próżności i desperacji. Chocolat no Mahou to pełna tajemnic opowieść, która ukazuje, jak nieprzewidziane potrafią być konsekwencje spełnionych marzeń.
