Sakura Sakurakouji jest licealistką, która wiedzie spokojne życie aż do momentu, gdy pewnego dnia staje się świadkiem przerażającej sceny – tajemniczy chłopak, Rei Oogami, spala ludzi na popiół za pomocą błękitnego płomienia. Ku jej zaskoczeniu Rei następnego dnia zjawia się jako nowy uczeń w jej szkole. Wkrótce Sakura odkrywa istnienie tajnej organizacji Code:Breakers, do której należą ludzie o specjalnych zdolnościach, używający przemocy i egzekwujący własną formę sprawiedliwości w cieniu prawa. Chociaż Rei twierdzi, że działa dla dobra społeczeństwa, Sakura nie zgadza się z jego brutalnymi metodami i stara się go powstrzymać. Seria obfituje w dynamiczne walki, napięte konfrontacje oraz głębokie dylematy moralne, stawiając pytania o prawdziwą wartość życia, sprawiedliwości i zemsty.

