Dziesięć lat temu olbrzymi potwór zwany Gaea-tima zniszczył niewielkie, nadmorskie miasteczko. Choć tragedia na zawsze odcisnęła piętno na mieszkańcach, społeczność zdołała się podnieść, przekształcając ruiny w tętniącą życiem miejscowość turystyczną. Gdy wydaje się, że koszmar należy już do przeszłości, Gaea-tima niespodziewanie powraca, a wraz z nim odradza się lęk przed gigantycznymi istotami określanymi mianem „gigantis”.
Miyako, lokalna bohaterka i jedna z ocalałych z pierwszego ataku, odmawia pogodzenia się z cyklem przemocy i zemsty. Zamiast kolejnej militarnej odpowiedzi, rozpoczyna poszukiwania naukowego rozwiązania problemu kaijuu, próbując zrozumieć naturę gigantis oraz ich miejsce w świecie. W obliczu narastającej paniki i presji ze strony władz oraz wojska, Miyako musi zmierzyć się nie tylko z potworem wynurzającym się z głębin, lecz także z ludzką skłonnością do destrukcji. „Daikaijuu Gaea-tima” łączy katastroficzne widowisko z refleksyjnym, często gorzkim spojrzeniem na odpowiedzialność człowieka, relację z naturą i cenę, jaką płaci się za przemoc.
