Grupa Wybrańców ponownie jest zmuszona zmierzyć się z narastającymi problemami w świecie rzeczywistym oraz Digimona. Podczas gdy Taichi Yagami i jego przyjaciele próbują prowadzić zwyczajne szkolne życie, mroczne anomalie zaczynają powodować coraz większy chaos: tajemnicza infekcja dotyka ich digimonowych partnerów, wywołując niepokój i niepewność. W centrum tej nowej rzeczywistości znajduje się Mimi Tachikawa oraz Joe Kido, którzy muszą skonfrontować własne uczucia i wątpliwości, by móc podjąć decyzję o dalszej walce. Z jednej strony stoi odpowiedzialność wobec przyjaciół i świata, z drugiej zwykłe szkolne obowiązki oraz osobiste rozterki. Tymczasem pojawia się kolejne, niespotykane wcześniej zagrożenie, które wystawia determinację bohaterów na prawdziwą próbę. Dynamiczna akcja serii miesza się z głębszymi refleksjami o dorastaniu, przyjaźni i podejmowaniu decyzji w obliczu trudności.
