Wojna o Świętego Graala wkracza w decydującą, najbardziej dramatyczną fazę. Kontynuując wydarzenia pierwszego sezonu, Fate/Zero 2nd Season śledzi losy siedmiu potężnych magów oraz towarzyszących im heroicznym dusz – sług zwanych Servantami, którzy walczą ze sobą na śmierć i życie. Akcja wciąż rozgrywa się w ponurej atmosferze mrocznego, współczesnego miasta Fuyuki, gdzie każdy z uczestników dąży do zdobycia wszechmocnego reliktu zdolnego spełnić dowolne życzenie. W centrum konfliktu znajduje się Emiya Kiritsugu, bezwzględny profesjonalny morderca, którego metody stawiają pod znakiem zapytania granicę między dobrem a złem. Stale wzrastające napięcie, spektakularne starcia sług oraz filozoficzne pytania dotyczące moralności i odpowiedzialności za swoje działania tworzą niepowtarzalną mieszankę emocjonalnej dramaturgii i pełnej akcji fabuły. Czy zwycięstwo zwykłego śmiertelnika będzie faktycznie spełnieniem pragnień, czy jedynie wstępem do tragedii?