Historia rozgrywa się w dalekiej przyszłości, w świecie zarządzanym przez tajemniczy system informatyczny zwany Fractale. Dzięki niemu ludzkość prowadzi spokojne, pozornie idealne życie, wolne od trosk i problemów. Clain, młody chłopak zafascynowany technologią przeszłości i pragnący poznać prawdę o świecie, przypadkowo spotyka tajemniczą dziewczynę imieniem Phryne. W ślad za nią pojawia się również Enri oraz tajemnicza postać Nessa, dziewczynka o enigmatycznym pochodzeniu. To wydarzenie drastycznie zmienia życie Claina, który wciągnięty zostaje w konflikt wokół samego systemu Fractale i jego prawdziwej natury. Próbując odkryć tajemnicę Fractale, bohaterowie wyruszają w niebezpieczną podróż, ukazując ciemne oblicze tej utopijnej rzeczywistości. Fractale to refleksyjna opowieść o wolności, technologii i cenie, jaką ludzie są gotowi zapłacić za swój idealny świat.
