W futurystycznym świecie, gdzie życie codzienne ludzi uzależnione jest od cybernetycznych sieci i programów zwanych NetNavi, młody bohater Netto Hikari i jego partner, cyfrowy wojownik Rockman.EXE, zostają wciągnięci w kryzys, który zagraża całemu internetowemu uniwersum. Kiedy tajemniczy program, znany jako Nebula Gray, zaczyna infekować sieć, balans między światłem a ciemnością zostaje poważnie zachwiany. Aby powstrzymać zagładę świata cyfrowego i realnego, Netto i Rockman muszą zmierzyć się z nowymi zagrożeniami, zdobyć nieoczekiwanych sprzymierzeńców i stawić czoło własnym ograniczeniom. Wciągająca, pełna akcji fabuła ukazuje dynamiczną więź między bohaterami oraz ich niezłomne starania, by pokonać mroczne siły zła i przywrócić równowagę między światłem i ciemnością.