W ostatnich latach XX wieku pojawienie się olbrzymich potworów zwanych kaijuu doprowadza ludzkość na skraj zagłady. Pośród nich najpotężniejszy jest legendarny Godzilla, niepokonana istota, przed którą cywilizacja musi się poddać. Po dziesięcioleciach daremnej walki resztki ludzkości są zmuszone opuścić Ziemię i szukać schronienia w kosmosie.
W roku 2048, po długiej i trudnej podróży, grupa ocalałych postanawia powrócić na rodzimą planetę, mając nadzieję, że po upływie dwudziestu tysięcy lat Ziemia znów nadaje się do zamieszkania. Młody i zdeterminowany Haruo Sakaki, który w dzieciństwie stracił rodzinę przez Godzillę, staje na czele ekspedycji, której celem jest odzyskanie planety i pokonanie pradawnego przeciwnika raz na zawsze. Jednak po lądowaniu odkrywają świat całkowicie opanowany przez bezwzględne kaijuu, na którego szczycie wciąż panuje niepokonany Godzilla.
Anime utrzymane jest w mrocznej, dramatycznej tonacji sci-fi, akcentując walkę o przetrwanie oraz desperacką determinację w obliczu niewyobrażalnego zagrożenia.
