Akcja anime toczy się w Japonii pod koniec epoki Edo, w burzliwych latach konfliktu między szogunatem a siłami popierającymi cesarza. Młoda dziewczyna, Chizuru Yukimura, wyrusza w podróż do Kioto, aby odnaleźć ojca, który nagle przestał dawać znaki życia. Po przybyciu na miejsce zostaje wciągnięta w dramatyczne i tajemnicze wydarzenia, w wyniku których poznaje słynną grupę wojowników znaną jako Shinsengumi. Chizuru szybko dowiaduje się, że strażnicy Shinsengumi skrywają mroczne sekrety i nadprzyrodzone moce, które powodują, że rzeczywistość okazuje się znacznie bardziej złożona niż przypuszczała. Wraz z bohaterami dziewczyna stanie przed groźnymi przeciwnikami i odkryje własne dziedzictwo, mierząc się jednocześnie z wewnętrznymi konfliktami, lojalnością i rodzącymi się uczuciami. „Hakuouki” to seria pełna dramatyzmu, historii, romansu i elementów fantasy, której tłem są pięknie ukazane realia schyłku samurajskiej ery.
