W futurystycznym świecie, w którym medycyna i technologia zapewniają ludzkości pozorną utopię oraz doskonałą harmonię społeczną, jednostki tracą wolność do decydowania o własnym ciele i życiu. Tuan Kirie, młoda kobieta będąca częścią kontrolowanego społeczeństwa, od lat zmaga się z wspomnieniem traumatycznych przeżyć z dzieciństwa. Gdy na świecie zaczynają się pojawiać tajemnicze incydenty burzące pozorną równowagę, Tuan trafia na ślad związany z wydarzeniami z przeszłości i dawno utraconą przyjaciółką Miach Mihie. Poszukując prawdy, bohaterka wkrótce zdaje sobie sprawę, że idealne społeczeństwo kryje mroczne tajemnice. Harmony to anime utrzymane w poważnym, introspektywnym tonie, które umiejętnie łączy gatunek filozoficznego science fiction z intymnym dramatem psychologicznym, zadając pytania o granice wolności i istotę człowieczeństwa.
