Po dramatycznych wydarzeniach z poprzedniej części, Akira Takizawa powraca, próbując odkryć sekrety programu Selecao oraz swoją własną zagadkową przeszłość. Po tym, jak zyskał ogromną popularność oraz uwagę mediów, staje się ściganym przez społeczeństwo oraz władzę, która widzi w nim niebezpiecznego gracza politycznego. W obliczu narastającej presji, Akira wraz z Saki Morimi i grupą Eden of the East rozpoczynają poszukiwanie prawdy na temat tajemniczego projektu, którego celem jest przemiana Japonii. Akcja ponownie koncentruje się na spisku politycznym, intrydze oraz moralnych dylematach w czasach współczesnej Japonii. „Paradise Lost” przedstawia pełen emocji finał historii, łącząc elementy thrillera, dramatu oraz zagadki, przy jednoczesnym krytycznym spojrzeniu na społeczne konsekwencje współczesnej technologii i politycznych manipulacji.

