„HaruChika: Haruta to Chika wa Seishun suru” to historia o Chice Homura, która rozpoczyna liceum z jednym celem: stać się „słodką dziewczynką”. Po odejściu z drużyny siatkarskiej, mimo swojego statusu gwiazdy, Chika dołącza do niedocenionego klubu instrumentów dętych w swojej szkole, wybierając flet jako najdelikatniejszy i najbardziej kobiecy instrument. Po dziewięciu latach Chika spotyka ponownie swojego przyjaciela z dzieciństwa, Harutę Kamijou. Chika zakochuje się w instruktorze orkiestry, Shinjirou Kusakabe, a co gorsza – Haruta również! Mimo to, szkolne życie Chiki nie idzie zgodnie z planem, gdy zaczynają pojawiać się tajemnice wokół niej i jej przyjaciół. Członkowie klubu muszą współpracować, aby rozwiązać te zagadki i zdobyć więcej członków, by rywalizować w konkursach muzycznych.