W przededniu wybuchu II wojny światowej, Japonia tworzy tajną organizację szpiegowską ukrytą pod nazwą „Agencja D”. Złożona wyłącznie z elitarnych tajnych agentów, wyszkolonych przez enigmatycznego podpułkownika Yuukiego, grupa prowadzi operacje szpiegowskie na całym świecie. Bohaterowie muszą zmierzyć się z niebezpiecznymi misjami, zdradą oraz moralnymi kompromisami w cieniu politycznych intryg. Fabuła skupia się na młodym oficerze Japońskiej Armii Cesarskiej, poruczniku Sakumie, który stawia czoła specyficznym wyzwaniom związanym z działaniami szpiegowskimi oraz sprzeciwia się wojskowemu podejściu opartemu jedynie na honorze i tradycji. „Joker Game” w sugestywny sposób prezentuje cyniczne realia wojny szpiegów oraz świat, w którym jedyną zasadą jest brak jakichkolwiek zasad. Seria utrzymana jest w poważnym i pełnym napięcia klimacie, stawiając pytania o granice moralności w cieniu wojny.

