Keima Katsuragi, znany w sieci jako „Bóg podbojów” ze względu na swoje niezrównane umiejętności zdobywania serc wirtualnych dziewcząt, stoi przed nowym i najtrudniejszym wyzwaniem w swoim życiu. Po serii wcześniejszych podbojów, w których uwalniał dziewczęta spod wpływu złych duchów, pojawia się nowy kryzys – grupa bogiń uciekła na Ziemię i ukrywa się w ciałach dziewcząt, których Keima już wcześniej podbił. Teraz musi ponownie zbliżyć się do nich, aby odkryć, gdzie znajdują się ukryte boginie, gdyż bez nich światu grozi wielkie niebezpieczeństwo. Czas nagli, a sytuację komplikuje fakt, że tym razem uczucia dziewcząt są prawdziwe, a nie tylko kolejną grą. „Kami nomi zo Shiru Sekai: Megami-hen” przedstawia dalsze losy Keimy, łącząc pełen humoru, romantyzmu i napięcia wątek szkolnego życia z elementami fantastycznymi i dramatycznymi zwrotami akcji.
