Jest rok UC 0093. Trwa zaciekła walka między Ziemską Federacją a Neo Zeonem, kierowanym przez charyzmatycznego i enigmatycznego lidera, Chara Aznable’a, który powraca na arenę galaktycznego konfliktu. Char dąży do radykalnego rozwiązania problemu ludzkości, planując uderzenie olbrzymim asteroidą w Ziemię, by zmusić ludzkość do migracji w przestrzeń kosmiczną i dalszej ewolucji. Przeciwstawia mu się były przyjaciel, a teraz zaciekły rywal, Amuro Ray, pilot zaawansowanego Gundama Nu, reprezentujący Ziemską Federację. Rozpoczyna się finałowa batalia między dwoma legendarnymi pilotami mechów, których osobiste konflikty, tragiczna przeszłość i odmienne wizje przyszłości rozstrzygną los całej ludzkości. Film oferuje spektakularną akcję, intensywne dramatyczne starcia w przestrzeni kosmicznej oraz poważną refleksję na temat wojny, motywacji bohaterów i przeznaczenia ludzkości.