Kitarou Tanjou: GeGeGe no Nazo opowiada historię narodzin i początków Kitaro, niezwykłego chłopca będącego pół-człowiekiem, pół-yōkai. Akcja ma miejsce w tajemniczym, nadnaturalnym świecie, gdzie ludzkie realia przeplatają się z japońskimi legendami i folklorem. Po śmierci jego ojca, Kitaro musi sam odnaleźć swoje miejsce, balansując między obowiązkami człowieka a mocami yōkai. Główny konflikt obraca się wokół rozwiązania starożytnego sekretu dotyczącego jego pochodzenia oraz źródła tajemniczych, mrocznych zdarzeń nawiedzających świat ludzi. Seria utrzymana jest w klimacie mrocznej bajki, nawiązując do klasycznych japońskich opowieści grozy, jednocześnie zachowując elementy humoru i przygody. Kitaro, wraz z niezwykłymi sprzymierzeńcami, stara się chronić oba światy przed zagrożeniem, jednocześnie odkrywając prawdę kryjącą się za zagadkowym dziedzictwem „GeGeGe”.
