Akcja „Youkai Watch: Shadow Side” rozgrywa się 30 lat po wydarzeniach z oryginalnej serii „Youkai Watch”, przedstawiając zupełnie nową historię i poważniejszy klimat. Równowaga między światem ludzi a światem youkai zostaje zachwiana, gdy tajemnicze i złowrogie duchy zaczynają coraz częściej atakować ludzi. Nastolatek Keisuke Amano, wnuk dawnego bohatera Nate’a, wraz ze swoją siostrą Natsume przejmuje zegarek umożliwiający dostrzeganie i kontrolowanie youkai. Wraz z przyjaciółmi próbują oni przywrócić pokój i uchronić ludzi przed złowieszczymi siłami z cienia.
Seria koncentruje się na mroczniejszych aspektach universe’u „Youkai Watch”, prezentując dojrzalsze podejście do relacji między ludźmi a duchami. Bohaterowie stają wobec wewnętrznych konfliktów, przerażających youkai oraz nieoczekiwanych tajemnic z przeszłości. Czy nastolatkom uda się ochronić oba światy przed zagładą i odkryć sekret skrywany od dziesięcioleci?
