W niedalekiej przyszłości, rok 2045 przynosi światu kolejne zagrożenia związane z szybkim rozwojem technologicznym i wzrastającą zależnością ludzkości od sztucznej inteligencji. Po globalnym gospodarczym kryzysie określanym jako „Zrównoważona Wojna”, Sekcja 9 powraca do działania, a major Motoko Kusanagi wraz ze swoim zespołem kontynuuje walkę z cyberterroryzmem oraz skomplikowanymi spiskami politycznymi. Tym razem muszą stawić czoła tajemniczemu zjawisku znanemu jako „Post Humans” – ludzi obdarzonych niezwykłymi zdolnościami umysłowymi, zagrażającymi stabilności społecznej oraz dotychczasowym granicom między człowiekiem a maszyną.
Drugi sezon „Ghost in the Shell: SAC_2045” utrzymuje charakterystyczny, cyberpunkowy klimat, pełen filozoficznych rozważań nad sensem istnienia, granicami świadomości i przyszłością ludzkiej cywilizacji. W świecie pełnym manipulacji i technologicznych wyzwań, Motoko i jej drużyna muszą odkryć źródło nieznanego zagrożenia, zanim planeta wkroczy w kolejną erę chaosu.
