W roku 2045 globalny kryzys gospodarczy, znany jako „Zrównoważona Wojna”, całkowicie odmienia światowy porządek społeczno-polityczny. Cyberprzestępstwa, terroryzm oraz konflikty prowadzone za pomocą nowoczesnych technologii stają się codziennością. Major Motoko Kusanagi wraz z członkami oddziału Sekcji 9 powraca, by stawić czoła nowym zagrożeniom w rzeczywistości, w której granice między człowiekiem a maszyną są coraz bardziej niewyraźne. Wraz ze swoją drużyną specjalistów musi rozwiązać operacje cybernetyczne na globalną skalę, jednocześnie walcząc z tajemniczym niebezpieczeństwem, które może zachwiać całym dotychczasowym ładem świata. „Koukaku Kidoutai: SAC_2045” przedstawia dynamiczną cyberpunkową akcję połączoną z filozoficzną refleksją nad ludzką tożsamością oraz konsekwencjami postępu technologicznego.
