W futurystycznym świecie, gdzie granice pomiędzy ludźmi a maszynami stają się coraz bardziej niejasne, detektyw Batou, cyborg o mechanicznych oczach i chłodnym spojrzeniu, wraz ze swoim partnerem Togusą prowadzi śledztwo w sprawie tajemniczych zabójstw popełnianych przez androidy zwane gynoidami. Wiele spośród tych maszyn wykorzystywanych w celach rozrywkowych zaczyna działać nieprzewidywalnie i agresywnie, co skłania bohaterów do zadania sobie pytania o istotę człowieczeństwa oraz etyczne konsekwencje postępu technologicznego. „Innocence” w stylu swego poprzednika, „Ghost in the Shell”, łączy cyberpunkową atmosferę z filozoficzną refleksją na temat świadomości, duszy i moralności. Historia utrzymana jest w poważnym, mrocznym tonie, przepełniona emocjonalnymi i wizualnymi metaforami, które prowadzą widza do głębszych przemyśleń o granicach ludzkiej tożsamości i naturze życia.
