„Little Witch Academia” to opowieść o Atsuko „Akko” Kagari, młodej dziewczynie, która mimo braku magicznego pochodzenia, postanawia pójść w ślady swojej idolki, słynnej czarownicy Shiny Chariot i stać się czarownicą. Wstępuje do Luna Nova Magical Academy i pomimo licznych trudności, które napotyka na swojej drodze, nie poddaje się. Główną cechą Akko jest determinacja, na której polega, aby sprostać swoim rówieśnikom, a zwłaszcza swojej rywalce, utalentowanej Dianie Cavendish. Anime opowiada o magicznych przygodach Akko i jej przyjaciół, ucząc nas o prawdziwym znaczeniu bycia czarownicą.