W mrocznym świecie, gdzie tajemnicze zjawisko zwane Strefą Mroku (Mu) nieustannie się rozszerza, ludzkość musi walczyć z pojawiającymi się potwornościami określanymi jako „Admonitions”. Aby przeciwstawić się tym zagrożeniom, specjalna grupa młodych ludzi zostaje wysłana do niebezpiecznej strefy, pilotując potężne maszyny zwane „Vess”. Wśród nich jest Akashi Saginuma, nastolatek cierpiący z powodu bolesnych wspomnień, których pochodzenia sam nie rozumie. Wraz ze swoimi towarzyszami musi odkryć ponurą tajemnicę kryjącą się za mrocznymi istotami oraz tajemniczym metalem, który zdaje się istnieć jedynie w obliczu absolutnej ciemności. „M3: Sono Kuroki Hagane” to anime łączące dramat, psychologiczny thriller oraz elementy mecha, eksplorujące tematy mrocznej przeszłości, relacji międzyludzkich oraz rozpaczy i nadziei w obliczu nieuniknionej katastrofy.